如果车辆自燃是由于车主自己的过错或疏忽导致的，保险公司将不会赔偿。例如，车主在车辆行驶时未及时更换磨损严重的零部件，导致车辆自燃，此时保险公司将不会承担赔偿责任。

但是如果车辆自燃是由于非人为因素导致的，例如电路故障或天灾等，保险公司将根据保险条款进行理赔。因此，车主需要在购买车辆保险时仔细阅读条款，了解自己的权益和责任。