店铺在关店阶段，理论上应当完成所有业务交接、财务清算等程序，确保不存在任何违规操作。

然而，如果店铺在关店过程中，与其他主体店铺存在不当的关联关系，例如通过虚假交易、流量造假、刷单等方式进行违规行为，那么即使处于关店阶段，也可能被认定为关联主体违规。因此，店铺在关店阶段仍应严格遵守相关规定，确保不存在任何违规行为，以维护市场公平竞争和消费者权益。