不可以。根据相关规定，驾校在注销学员档案时需要持有正当的理由，并经过学员的同意。驾校单方面注销学员档案属于违法行为，学员可以据此向相关部门投诉并维护自己的合法权益。因此，驾校应该严格遵守规定，与学员沟通并取得同意后才能进行学员档案的注销操作。这样才能保障学员的权益，同时也是驾校合法经营的基本原则。