农村房产证和房产证存根都具有法律效力，但两者的性质不同。农村房产证是产权证，证明农村住宅及土地使用权的归属，权利人可凭证享有该房产的所有权益，并能自由支配该房产。

而房产证存根则是一份备案证明，用于备案登记、抵押、拍卖、变更等手续，不具有过户权和出具贷款等需求的资格认证功能。

因此，房产交易需使用农村房产证进行产权过户，房产证存根仅作为备案使用。