明珠的结局是:因朋党之罪被罢黜，后虽官复原职但不再受到重用。康熙四十七年病故。

于成龙出任直隶巡抚乃至两江总督期间，被明珠不择手段给予阻挠、牵制，甚至陷害，最终致使于成龙两江去火耗之事无果而终。