在于其使用的平台不同。

橱窗保证金是指在阿里巴巴的1688平台上，商家为了在自己的店铺页面上展示商品而需要交纳的费用，保证该店铺中所有橱窗展示商品的付款率和成交率。

而小店保证金指的是在淘宝平台上开设店铺所需缴纳的保证金，以保证店铺能够正常经营和遵守平台规则，同时保证消费者的权益和利益不受损失。

因此，橱窗保证金和小店保证金的主要区别在于其使用的平台和缴纳的目的。